A Igreja Presbiteriana do Brás sonhava com uma escola. Muito antes de sua abertura, vários membros conversavam a respeito deste projeto, davam sugestões, discutiam a viabilidade dos recursos humanos e financeiros. Alguns demonstravam grande entusiasmo, outros nem tanto. Apesar das diferentes opiniões, um pensamento era comum: apenas com a benção de Deus o sonho se tornaria uma realidade. Por esse motivo, todos oravam pela concretização de tal aspiração. Tantos foram os membros da entidade mantenedora envolvidos neste sonho, que fica difícil citar cada um deles. Nem por isso, deixaremos de registrar nossa gratidão a Deus por cada vida que fez e faz parte - direta ou indiretamente - desse sonho de outrora, realidade de agora, chamado Colégio Presbiteriano do Brás. Um dos primeiros passos rumo à realização da fundação do colégio foi o Conselho da Igreja Presbiteriana do Brás (entidade mantenedora) reunir-se para receber o projeto de abertura do Colégio Presbiteriano do Brás – Educação Infantil. Na mesma ocasião decidiu-se abrir um processo administrativo junto aos órgãos legais do Sistema de Ensino e à Prefeitura de São Paulo para abertura e funcionamento do colégio. Após todo o processo de legalização, no dia 17 de fevereiro de 1999 realizava-se o culto de gratidão a Deus pelo início das atividades do Colégio Presbiteriano do Brás, nas dependências do templo da entidade mantenedora, a Igreja Presbiteriana do Brás, tendo como pregador o Reverendo Elieser Ferreira. Entre membros da igreja e familiares dos primeiros alunos, 110 pessoas assinaram o livro de presença. Em 18 de fevereiro de 1999, o colégio iniciou suas atividades com 28 alunos matriculados na Unidade I. Desde a sua fundação havia uma preocupação com o acompanhamento dos seus alunos que se formavam na Educação Infantil, necessitando prosseguir seus estudos no Ensino Fundamental, a direção do colégio elaborou um projeto de ampliação que foi aprovado pela entidade mantenedora. Requereu-se então, junto a Diretoria de Ensino Leste 5, a autorização para funcionamento do Ensino Fundamental I e II com ampliação das instalações, requerimento este deferido no ano de 2000. Em 2001 teve início o Ensino Fundamental, com a implantação gradual de séries, iniciando a 1ª série com 17 alunos, em sua Unidade II. No mesmo ano, a Educação Infantil já contava com 128 alunos. Frente à demanda de alunos crescendo e com o objetivo de oferecer maior comodidade, conforto e segurança aos pais e alunos, a portaria de entrada e saída foi transferida da Rua São Leopoldo para a Rua Nicolau Barreto. Atualmente, visando à melhor acessibilidade e segurança, instalou-se também uma entrada específica para os alunos que fazem uso do transporte escolar, na Rua São Leopoldo. Uma nova unidade foi construída e inaugurada em 2008, a unidade III para abrigar o Ensino Fundamental I e II que continuou crescendo. No ano de 2015 surgiu a Unidade IV, para atender às necessidades do curso Integral e na mesma época a ampliação e adequação dos espaços físicos para aumentar a acessibilidade se intensificaram com a instalação de elevador, rampas, aumento do número de sanitários adaptados e piso tátil. Em continuidade à ampliação e atendimento, a partir de 2017 o Colégio passou a abrigar o Polo EAD da Universidade Presbiteriana Mackenzie com cursos de Graduação e Pós-Graduação. Deste modo, modernos laboratórios, salas de estudos, biblioteca e salas multimídia são incorporados à estrutura do colégio melhorando ainda mais o atendimento aos alunos. Na busca pela melhoria constante da qualidade no ensino, em 2018 soluções inovadoras foram incorporadas ao Projeto Pedagógico do Colégio como Oficina Orquestral, parcerias com a Lego Education (robótica), App Acadesc (ferramenta de comunicação com a família, Matific (plafaforma de aprendizagem virtual do ensino da matemática), criação do espaço CPB Maker e adoção do SME – Sistema Mackenzie de Ensino com a excelência acadêmica integrada à educação valorativa cristã na formação de cidadãos.